부가가치세법 일부개정법률안

현행법은 면세농산물 등을 원재료로 구입하여 이를 제조？가공한 후 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 과세사업자에 대하여 면세농산물 등 구입가액의 일정률에 해당하는 금액을 매입세액으로 의제하여 매출세액에서 공제해 주는 의제매입세액 공제제도를 두고 있음. 이와 같은 의제매입세액 공제제도는 농어민들로부터 세금계산서를 발급받을 수 없어 원칙적으로 매입세액공제를 받을 수 없는 과세사업자의 재화 또는 용역 공급 시 발생하는 부가가치세의 중복과세를 제거하고, 면세농산물등에 대한 면세효과를 최종소비자에까지 유지하기 위한 부가가치세의 기본원리에 입각한 제도로서 농산물을 원재료로 제조？가공하여 재화 또는 용역을 공급하는 사업자에 대한 보조금적 성격도 가지고 있으며, 현행법은 사업자의 업종과 규모에 따라 공제율을 102분의 2에서 109분의 9까지 차등 적용하고 있음. 그러나, 동일한 농수축산물에 대하여 생산품목이 아닌 업종별로 공제율을 차등 적용하는 것은 중복과세를 제거하기 위한 의제매입세액 공제제도의 목적과는 거리가 있고, 정책적 목적으로 업종별로 공제율을 차등 적용하더라도 현행 공제율은 102분의 2에서 109분의 9까지로서 그 차등 정도가 과도한 바, 음식점업의 공제율 108분의 8과 면세농산물 사용을 큰 비중으로 하는 식품제조 중소기업의 공제율 104분의 4의 과다한 공제율 차이는 정책적 목적을 살펴보아도 지나치게 불공정함. 현재 코로나 19의 장기화로 제조업의 경영여건이 악화되고 최저임금 상승의 부담이 가중된 식품제조업계의 절대 다수를 차지하는 연매출 1억원 미만 영세 중소기업의 어려운 상황을 고려할 때, 공제율을 전면적으로 조정할 필요가 있음. 이에 면세농산물등 의제매입세액 공제의 기본공제율을 104분의 4로 하고, 규모별 지원 필요성을 고려하여 제조업 중 중소기업의 공제율을 106분의 6으로 상향함으로써 업종간의 불형평을 해소하고 제조업의 경영환경을 개선하는 한편, 과세표준 2억 원 이하 음식점업 개인사업자에 대한 특례 적용기한을 2023년 12월 31일까지 2년 더 연장함으로써 소규모 음식점의 조세부담을 경감하는데 기여하고자 함(안 제42조제1항). 참고사항 이 법률안은 「국회법」 제85조의3제4항에 따라 2022년도 세입예산안 부수 법률안으로 지정될 필요가 있음.