자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부개정법률안

국회에서 의결된 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부개정법률을 이에 공포한다. 대통령 이재명 (인) 2026년 5월 26일 국무총리 김민석 국무위원 산업통상부 장관 김정관 ⊙법률 제21684호 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부개정법률 자유무역지역의 지정 및 운영에 관한 법률 일부를 다음과 같이 개정한다. 제1조 중 "지정ㆍ운영함으로써"를 "지정ㆍ운영하고 고부가가치화를 지원함으로써"로, "지역개발 등을"을 "지역개발과 산업경쟁력강화 등을"로 한다. 제3조제1항제3호 중 "물품의 통관에"를 "제4장 및 제5장에서 정한 사항에"로 한다. 제10조제1항제2호 본문 및 같은 항 제3호 중 "제4호부터 제6호까지의 규정에"를 각각 "제4호 및 제5호에"로 한다. 제11조제1항 전단 중 "자유무역지역에 입주하여 사업을 하려는"을 "다음 각 호에 해당하는"으로 하고, 같은 항 후단 중 "변경"을 "변경(이하 "변경계약"이라 한다)"으로 하며, 같은 항에 각 호를 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제5항을 제7항으로 하며, 같은 조에 제5항 및 제6항을 각각 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제7항(종전의 제5항) 중 "제1항에 따른 입주계약 및 계약의 변경"을 "입주계약 및 변경계약"으로, "정한다"를 "정하고, 제5항의 사용할 수 있는 기간에 대한 구체적인 사항은 산업통상부령으로 정한다"로 한다. 1. 자유무역지역에 있는 토지(제25조제7항에 따라 분할된 토지 및 공유지분을 포함한다. 이하 같다)나 공장ㆍ건축물 또는 그 밖의 시설(이하 "공장등"이라 한다)을 취득한 자. 다만, 「항만법」 제16조 또는 제61조에 따라 토지를 취득한 항만배후단지개발사업의 시행자는 제외한다. 2. 자유무역지역에 입주하여 사업을 하려는 자 ⑤ 입주계약 또는 변경계약은 자유무역지역에 있는 토지 또는 공장등을 취득한 날 또는 자유무역지역에 있는 토지 또는 공장등을 사용할 수 있는 기간이 개시된 날부터 3개월 내에 체결하여야 한다. 다만, 제4항에 따른 세관장과의 사전 협의를 위한 기간은 해당 기간에 포함하지 아니한다. ⑥ 자유무역지역에 있는 토지 또는 공장등을 취득한 자가 제5항의 기간 내에 입주계약 또는 변경계약을 체결하지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 기간 내에 해당 토지 또는 공장등을 제25조제6항에 따른 금액으로 관리권자에게 양도하여야 하며, 관리권자가 양수하기 곤란한 경우에는 같은 조 제2항을 준용한다. 다만, 제26조제1항에 따라 자유무역지역 안의 토지 또는 공장등을 취득한 경우에는 그러하지 아니하다. 제14조제3항 전단 중 "준용한다"를 "준용하며, 이 경우 "제33조제8항에 따른 산업시설구역"은 "자유무역지역"으로 본다"로 하고, 같은 항 후단을 삭제하며, 같은 항에 단서를 다음과 같이 신설한다. 다만, 디지털전환 촉진을 위하여 산업통상부령으로 정하는 바에 따라 기준건축면적률을 달리 정할 수 있다. 제15조제1항 중 "부정한"을 "다음 각 호의 어느 하나에 해당하는"으로 하고, 같은 항에 각 호를 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제2항 각 호 외의 부분 본문 중 "입주계약을"을 "산업통상부령으로 정하는 기간 내에 그 시정을 명하고 이를 이행하지 아니하는 경우 그 입주계약을"로 하고, 같은 항 각 호 외의 부분 단서를 삭제하며, 같은 항에 제2호의2를 다음과 같이 신설하고, 같은 항 제6호를 다음과 같이 하며, 같은 항에 제7호부터 제9호까지를 각각 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제4항 중 "「수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 제4조제3호에"를 "「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 제4조제3호에"로 하며, 같은 조 제5항 중 "제1항이나"를 "제1항제2호나"로, "공장ㆍ건축물 또는 그 밖의 시설(이하 "공장등"이라 한다)을"을 "공장등을"로 하고, 같은 항에 단서를 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제6항 각 호 외의 부분 중 "제25조제1항ㆍ제2항 및 같은 조 제5항에 따라 해당 토지 또는 공장등을 처분하여야 한다"를 "대통령령으로 정하는 기간 내에 해당 토지 또는 공장등을 제25조제6항에 따른 금액으로 관리권자에게 양도하여야 하며, 관리권자가 양수하기 곤란한 경우에는 같은 조 제2항을 준용한다"로 하고, 같은 항 각 호 외의 부분에 단서를 다음과 같이 신설하며, 같은 항 제1호를 제1호의2로 하고, 같은 항에 제1호를 다음과 같이 신설하며, 같은 항 제1호의2(종전의 제1호) 중 "처분하는"을 "처분하려는"으로 하고, 같은 항 제2호 중 "완료신고"를 "완료신고(이하 "공장설립등의 완료신고"라 한다)"로 하며, 같은 항 제3호 중 "제14조제4항 전단에 따른 사업개시의"를 "사업개시의"로 하고, 같은 항에 제4호를 다음과 같이 신설한다. 1. 부정한 방법으로 입주계약을 체결한 경우 2. 폐업한 경우 3. 제11조제6항(변경계약을 체결하지 아니한 경우에 한정한다), 제25조제1항 및 제2항을 위반하여 자유무역지역 내 토지 또는 공장등을 처분한 경우 2의2. 제11조제1항에 따라 변경계약을 체결하지 아니하거나 입주계약 또는 변경계약에서 정한 사항을 위반한 경우 6. 제25조제5항 및 제7항을 위반하여 자유무역지역 내 토지 또는 공장등을 분할(공유지분으로 분할하여 처분하려는 경우를 포함한다)ㆍ임대(전대를 포함한다)하거나 사용하게 한 경우 7. 입주계약 체결 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 공장등의 건설을 시작하지 아니하거나 제14조제4항 전단에 따른 사업개시의 신고(이하 "사업개시의 신고"라 한다)를 하지 아니한 경우 8. 공장등의 준공이 사실상 불가능하다고 인정되는 경우 9. 공장등의 준공 후 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업을 시작하지 아니하거나 1년 이상 그 사업을 휴업하는 경우 다만, 제11조제6항, 이 조 제6항, 제25조제1항, 제26조제1항제3호에 따라 관리권자에게 양도하는 경우는 제외한다. 다만, 제1항제3호에 따라 입주계약이 해지된 경우는 제외한다. 1. 제1항제1호에 따라 입주계약이 해지된 경우 4. 제25조제1항제3호에서 정한 기간이 경과하기 전 토지취득자의 입주계약이 해지된 경우 제17조제1항 중 "자유무역지역"을 "다음 각 호를 제외한 자유무역지역"으로, "공장등에 대하여"를 "공장등을 매각할 필요가 있는 경우 매각계획을 수립하고,"로, "대통령령으로"를 "입주기간 및 수출비중 등을 고려하여 대통령령으로"로, "입주기업체등에"를 "입주기업체등 또는 제10조에 따른 입주 자격이 있는 제3자에게"로 하고, 같은 항에 후단을 다음과 같이 신설하며, 같은 항에 각 호를 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제2항을 삭제하며, 같은 조 제3항 본문 중 "입주기업체에"를 "입주기업체 또는 제10조제1항제1호, 제1호의2, 제2호부터 제5호까지 및 같은 조 제2항에 따른 입주 자격이 있는 제3자에"로, "경우 그 임대기간은 「국유재산법」"을 "경우 그 임대료는 「국유재산법」 제32조제1항 및 제47조에도 불구하고 관리권자가 재정경제부장관과 협의하여 정한 후 공고하는 바에 따르며, 임대기간은 같은 법"으로 하고, 같은 조 제4항 본문 중 "지원업체에"를 "지원업체 또는 제10조제1항제6호의 입주 자격이 있는 제3자에"로, "경우 그 임대기간은 「국유재산법」"을 "경우 그 임대료는 「국유재산법」 제32조제1항 및 제47조에도 불구하고 관리권자가 재정경제부장관과 협의하여 정한 후 공고하는 바에 따르며, 임대기간은 같은 법"으로 하며, 같은 조에 제5항 및 제6항을 각각 다음과 같이 신설한다. 이 경우 관리권자는 자유무역지역의 원활한 운영과 임대 또는 매각 계약의 이행을 위하여 그 계약에 필요한 조건을 부가할 수 있다. 1. 「공항시설법」 제2조제4호에 따른 공항구역 2. 「항만법」 제2조제4호에 따른 항만구역 및 같은 법 제6조제1항제8호에 따른 항만시설 설치 예정지역(같은 법 제2조제11호에 따른 항만배후단지는 제외한다) 3. 「항만법」 제16조 또는 제61조에 따른 매도청구 대상 토지 ⑤ 관리권자는 제1항에 따른 토지의 매각 후 5년이 경과한 시점에 정상적인 지가상승분(「개발이익 환수에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 정상지가상승분을 말한다)을 초과하는 지가상승분이 발생하는 경우 해당 금액의 100분의 50 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 토지취득자로부터 이를 기부받을 수 있다. 이 경우 관리권자는 기부금액에 상응하는 재원을 확보하여 제8조제2항제2호 및 제3호의 업무에 사용할 수 있도록 노력하여야 한다. ⑥ 제1항부터 제5항까지에서 규정한 사항 외에 국가가 소유하는 토지 또는 공장등의 임대 및 매각 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제18조제1항 중 "입주기업체등에"를 "입주기업체등 또는 제10조에 따른 입주 자격이 있는 제3자에게"로 하고, 같은 항에 후단을 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제2항 후단을 삭제하고, 같은 조 제3항 본문 중 "입주기업체에"를 "입주기업체 또는 제10조제1항제1호, 제1호의2, 제2호부터 제5호까지 및 같은 조 제2항에 따른 입주 자격이 있는 제3자에"로 하며, 같은 조 제4항 본문 중 "지원업체에"를 "지원업체 또는 제10조제1항제6호의 입주 자격이 있는 제3자에"로 한다. 이 경우 지방자치단체의 장은 자유무역지역의 원활한 운영과 임대 또는 매각 계약의 이행을 위하여 그 계약에 필요한 조건을 부가할 수 있다. 제20조제1항 중 "「외국인투자 촉진법」 제2조제9호의2에"를 "「외국인투자 촉진법」 제2조제1항제9호의2에"로 한다. 제25조제1항을 다음과 같이 하고, 같은 조 제2항 중 "입주 자격이"를 "제10조에 따른 입주 자격이"로 하며, 같은 항에 후단을 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제3항 중 "제14조제2항에 따른 공장설립등의 완료신고 후 또는 같은 조 제4항 전단에 따른 사업개시의 신고 후에 제17조제1항 또는 제18조제1항에 따라 취득한"을 "취득한"으로, "입주 자격이 있는 제3자로 한정한다"를 "제10조에 따른 입주 자격이 있는 제3자로 한정한다"로 하며, 같은 항에 단서를 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제4항 중 "제3항의 경우에 국가 또는 지방자치단체가 소유하는 토지 위에 건축한"을 "입주기업체등은 제3항에 따라 토지 또는"으로, "관리권자에게"를 "사전에 관리권자에게"로, "신고하여야"를 "신고하고, 계약상대방의 입주 자격에 관하여 관리권자와 협의하여야"로 하며, 같은 조 제5항부터 제7항까지를 각각 제6항부터 제8항까지로 하고, 같은 조에 제5항을 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제7항(종전의 제6항) 중 "분할하려는"을 "분할하거나 지분으로 나누어 처분하려는"으로, "면적 이상으로 분할하여야"를 "바에 따라 분할하거나 지분을 나누어야"로 하고, 같은 조에 제9항 및 제10항을 각각 다음과 같이 신설한다. ① 입주기업체등이 취득한 토지 또는 공장등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분하려는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 이를 관리권자에게 양도하여야 한다. 1. 공장설립등의 완료신고 전 토지 또는 공장등을 처분하려는 경우 2. 사업개시의 신고 전 토지 또는 공장등을 처분하려는 경우 3. 공장설립등의 완료신고 또는 사업개시의 신고 후 10년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간이 경과되기 전에 토지를 처분하려는 경우. 다만, 공장설립등의 완료신고 또는 사업개시의 신고 후 해당 토지를 취득한 경우에는 토지를 취득한 날부터 기산한다. 이 경우 관리권자는 토지 또는 공장등의 양도인에게 실비의 범위에서 양수인의 선정에 필요한 비용을 징수할 수 있다. 다만, 제11조제6항, 제15조제6항, 이 조 제1항, 제26조제1항제3호에 따라 관리권자에게 양도하는 경우는 제외한다. ⑤ 입주기업체등이 취득한 토지 또는 공장등을 제3항에 따라 입주기업체등이나 제10조에 따른 입주 자격이 있는 제3자에게 임대하거나 사용하게 하는 경우 그 임대료 또는 사용료는 산업통상부령으로 정하는 금액을 초과할 수 없다. ⑨ 제1항부터 제8항까지에서 정한 사항 외에 토지 또는 공장등의 처분에 관한 절차에 대하여는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제39조제1항 및 제4항을 준용한다. 이 경우 "산업시설구역등"은 "자유무역지역"으로, "입주기업체"는 "입주기업체등"으로, "산업용지"는 "토지"로, "관리기관"은 "관리권자"로 본다. ⑩ 제1항부터 제9항까지에서 정한 사항 외에 자유무역지역에 있는 토지 또는 공장등의 처분제한, 양도 또는 분할 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제26조의 제목 중 "사용"을 "처분"으로 하고, 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 중 "자는"을 "자가 제11조에 따라 입주계약을 체결하지 못한 경우에는"으로, "처분 또는 사용하여야"를 "처분하여야"로 하며, 같은 항 제1호를 삭제하고, 같은 항 제2호를 다음과 같이 하며, 같은 조 제2항 중 "경우의 양도가격에 관하여는 제25조제5항을"을 "경우의 양도금액은 제25조제6항을 준용하며, 관리권자가 양수하기 곤란한 경우에는 같은 조 제2항을"로 한다. 2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 다른 입주기업체나 제10조제1항제1호, 제1호의2, 제2호부터 제5호까지 및 같은 조 제2항에 따른 입주 자격이 있는 제3자에게 양도할 것 제26조의2 및 제26조의3을 각각 다음과 같이 신설한다. 제26조의2(이행강제금) ① 관리권자는 제11조제6항, 제15조제5항ㆍ제6항, 제25조제1항ㆍ제2항 또는 제26조제1항 각 호에 따른 자유무역지역 내 소유한 토지 또는 공장등을 양도할 의무(이하 "이 법에 따른 토지 또는 공장등을 양도할 의무"라 한다)를 이행하지 아니한 자에 대하여 산업통상부령으로 정하는 기한까지 이행을 명할 수 있고, 그 기한까지 의무를 이행하지 아니한 경우에는 처분 또는 양도하여야 할 토지 또는 공장등의 재산가액(「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등의 감정평가액을 말한다)의 100분의 20에 해당하는 금액의 이행강제금을 부과할 수 있다. ② 관리권자는 이 법에 따른 토지 또는 공장등을 양도할 의무가 발생한 날을 기준으로 하여 매년 1회 그 의무가 이행될 때까지 반복하여 제1항에 따른 이행강제금을 부과하고 징수할 수 있다. ③ 제1항 및 제2항에서 정한 사항 외에 이행강제금의 부과 및 징수에 필요한 사항에 대하여는 대통령령으로 정한다. 제26조의3(과징금) ① 관리권자는 제11조제6항, 제15조제5항ㆍ제6항, 제25조제1항ㆍ제2항 또는 제26조제1항 각 호를 위반하여 토지 또는 공장등을 처분 또는 양도한 자에게 해당 토지 또는 공장등의 양도차액에 상응하는 금액의 범위에서 과징금을 부과할 수 있다. ② 관리권자는 과징금 납부의무자가 납부기한 내에 과징금을 납부하지 아니한 경우에는 납부기한의 다음 날부터 납부한 날의 전일까지의 기간에 대하여 대통령령으로 정하는 가산금을 부과할 수 있다. 이 경우 가산금을 징수하는 기간은 60개월을 초과하지 못한다. ③ 관리권자는 과징금 납부의무자가 납부기한까지 과징금을 납부하지 아니한 경우에는 기간을 정하여 독촉을 하고, 그 기간 내에 과징금 및 제2항에 따른 가산금을 납부하지 아니한 경우에는 국세 강제징수의 예에 따라 이를 징수할 수 있다. ④ 제1항부터 제3항까지에서 정한 사항 외에 과징금 또는 가산금의 부과, 납부, 징수와 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제28조제1항 중 "입주기업체등으로부터"를 "자유무역지역에 있는 토지 또는 공장등의 소유자(제25조제3항에 따라 토지 또는 공장등을 임대한 경우는 제외한다) 또는 입주기업체등으로부터"로 한다. 제37조제4항 중 "제209조제1항"을 "같은 법 제209조제1항"으로 한다. 제41조의2제1항제4호 중 "「농산물품질관리법」 또는 「수산물품질관리법」에"를 "「농수산물 품질관리법」에"로 한다. 제44조 제목 외의 부분을 제1항으로 하고, 같은 조 제1항(종전의 제목 외의 부분) 후단 중 "그 내국물품의"를 "반출되는 물품 중 원재료로 사용된 외국물품의"로, "가격을 제조ㆍ가공ㆍ조립ㆍ보수한 물품의 과세표준에서 공제한다"를 "가격에 상응하는 것을 과세표준으로 한다"로 하며, 같은 조에 제2항을 다음과 같이 신설한다. ② 제29조제5항제1호의 경우 제29조의2에 따른 사용ㆍ소비 신고 전에 미리 세관장에게 해당 물품의 원재료인 외국물품등에 대한 과세의 적용을 신청한 경우에는 같은 조에 따른 사용ㆍ소비 신고를 할 때의 그 원재료의 성질 및 수량에 따라 관세를 부과한다. 제45조제1항 중 "「주세법」 제31조제1항제1호"를 "「주세법」 제20조제1항제1호"로, "「수출용원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 제4조제1호"를 "「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급에 관한 특례법」 제4조제1호"로 한다. 제48조의2를 다음과 같이 신설한다. 제48조의2(「출입국관리법」에 관한 특례) 법무부장관은 「출입국관리법」 제8조 및 제10조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 업종에 속한 입주기업체에 근무하는 외국인에 대한 사증발급의 절차와 1회에 부여할 수 있는 체류자격별 체류기간 상한을 산업통상부장관과 협의하여 달리 정할 수 있다. 제49조제1항 중 "인력양성을"을 "인력양성 또는 디지털전환을"로 한다. 제5장에 제49조의3 및 제49조의4를 각각 다음과 같이 신설한다. 제49조의3(자유무역지역의 친환경ㆍ첨단화 지원 등) ① 관리권자는 신에너지 및 재생에너지의 이용ㆍ보급을 촉진하기 위하여 입주기업체등에 「재생에너지 개발ㆍ이용ㆍ보급 촉진법」 제2조제2호에 따른 재생에너지의 이용과 같은 법 제2조제3호에 따른 재생에너지 설비의 설치 및 「수소경제 육성 및 수소 안전관리에 관한 법률」 제2조제6호 및 제11호에 따른 연료전지등에 활용되는 에너지 및 수소에너지의 이용과 같은 법 제2조제6호 및 제12호에 따른 연료전지등 및 수소에너지 설비의 설치를 권고할 수 있다. ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관은 자유무역지역의 입주기업체가 필요로 하는 자금을 원활하게 조달할 수 있도록 우선적으로 신용보증을 할 수 있다. 1. 「신용보증기금법」에 따른 신용보증기금 2. 「기술보증기금법」에 따른 기술보증기금 3. 「지역신용보증재단법」 제9조에 따라 설립된 신용보증재단 제49조의4(고용보조금 등의 지급) ① 지방자치단체는 자유무역지역에 대한 투자를 촉진하기 위하여 필요한 경우에는 조례로 정하는 바에 따라 자유무역지역에 투자하는 기업에 대하여 고용보조금 및 교육훈련보조금 등을 지급할 수 있다. ② 지방자치단체는 자유무역지역에 있거나 자유무역지역으로 이전하는 기업에 대하여 조례로 정하는 바에 따라 보조금의 지급 등 필요한 지원을 할 수 있다. ③ 지방자치단체는 자유무역지역의 입주기업체등에 대하여 「지방세특례제한법」 및 조례로 정하는 바에 따라 지방세를 감면할 수 있다. 제6장에 제55조의3을 다음과 같이 신설한다. 제55조의3(보고 및 검사 등) ① 관리권자는 자유무역지역 내 토지 또는 공장등의 소유자ㆍ점유자 또는 입주기업체등에 대하여 산업통상부령으로 정하는 바에 따라 자유무역지역의 관리 등에 관하여 필요한 보고를 하게 하거나 자료의 제출을 명할 수 있으며, 소속 공무원으로 하여금 이를 검사하게 할 수 있다. ② 관리권자는 자유무역지역 내 토지 또는 공장등의 소유자ㆍ점유자 또는 입주기업체등에 대하여 산업통상부령으로 정하는 바에 따라 자유무역지역의 관리 등에 관하여 필요한 지도와 감독을 할 수 있고, 소속 공무원으로 하여금 필요한 사항을 조사하게 할 수 있다. ③ 제1항 및 제2항에 따른 보고 및 검사 또는 지도ㆍ감독 및 조사에 필요한 사항은 산업통상부령으로 정한다. 제60조제1호를 제1호의2로 하고, 같은 조에 제1호를 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제2호 중 "제3항까지의 규정"을 "제3항까지 또는 같은 조 제6항"으로 하고, 같은 조 제2호의2를 제2호의3으로 하며, 같은 조에 제2호의2를 다음과 같이 신설한다. 1. 제11조제6항을 위반하여 토지 또는 공장등을 양도한 자 2의2. 제26조제1항 각 호를 위반하여 토지 또는 공장등을 양도한 자 제70조제2항 중 "제15조제5항ㆍ제6항 또는 제26조를"을 "제11조제6항, 제15조제5항ㆍ제6항, 제25조제1항ㆍ제2항 또는 제26조제1항 각 호를"로 하고, 같은 조 제3항에 제2호의2를 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제4항에 제6호 및 제7호를 각각 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제5항 중 "바에"를 "부과기준 또는 감면기준에"로 한다. 2의2. 제25조제5항을 위반하여 토지 또는 공장등의 임대료 및 사용료를 받은 자 6. 정당한 사유 없이 제55조의3제1항에 따른 관리권자의 보고 또는 자료제출 명령을 이행하지 아니한 자 7. 정당한 사유 없이 제55조의3제2항에 따른 관리권자의 지도ㆍ감독에 따르지 아니하거나 조사를 방해한 자 부칙 이 법은 공포 후 1년이 경과한 날부터 시행한다.